いろいろと調べたところ、2つの方法があります。

1.mt-config.cgiの値を変更する。

mt-config.cgi
【変更前】# EntriesPerRebuild 40
【変更後】EntriesPerRebuild 10

これは一回で再構築するファイル数を設定しているようです。少なくすると軽くなるというわけですね。

■参考記事
» Movable Type で再構築エラーになる場合の原因と対処

2.トラックバック自動検知の設定をオフにする

MovebleTypeの設定で、「外部のリンクに対するトラックバック自動検知を有効にする」が有効になっている場合、リンクがあるとそこにトラックバックしようとします。10以上リンクがある場合、サーバのスペックにもよりますが、すべてにトラックバックしようとし、そのせいで再構築に時間がかかり、Script Errorで再構築に失敗することがあるようです。

対策としては、「外部のリンクに対するトラックバック自動検知を有効にする」のチェックをはずします。

【変更前】
<MTIfPingsAccepted><p>このエントリーのトラックバックURL: <br /><$MTEntryTrackbackLink$></p>

【変更後】
<MTIfPingsAccepted><p>このエントリーのトラックバックURL: <br /><input type="text" size="70" value="<$MTEntryTrackbackLink$>" onClick="this.select();" /></p>

ちょっとした小技ですが、ユーザビリティを考えるとformのlabelタグくらい重要ではないかと思います。

サイドバーに設置しました。

<ソース変更前>
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
<MTIfArchiveTypeEnabled archive_type="Monthly">
<div class="module-archives module">
<h2 class="module-header"><a href="<$MTBlogURL$>archives.html">アーカイブ</a></h2>
<div class="module-content">
<MTArchiveList archive_type="Monthly">
<MTArchiveListHeader><ul class="module-list"></MTArchiveListHeader>
<li class="module-list-item"><a href="<$MTArchiveLink$>"><$MTArchiveTitle$></a></li>
<MTArchiveListFooter></ul></MTArchiveListFooter>
</MTArchiveList>
</div>
</div>
</MTIfArchiveTypeEnabled>
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------

<ソース変更後>
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------

<MTIfArchiveTypeEnabled archive_type="Monthly">
<div class="module-archives module" id="monthly-archives">
<h2 class="module-header"><a href="<$MTBlogURL$>weblog/">アーカイブ</a></h2>
<div class="module-content">
<select onchange="nav(this)">
<option>月を選択</option>
<MTArchiveList archive_type="Monthly">
<option value="<$MTArchiveLink$>"><$MTArchiveTitle$></option>
</MTArchiveList>
</select>
</div>
</div>
</MTIfArchiveTypeEnabled>

<script type="text/javascript" charset="utf-8">
function nav(sel) {
if (sel.selectedIndex == -1) return;
var opt = sel.options[sel.selectedIndex];
if (opt && opt.value)
location.href = opt.value;
}
</script>