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MovableTypeでMovableTypeで特定のファイルだけ再構築したくない、という場合、
mt-config.cgiに一行追加することで、特定の書き込み権限を変更でき、再構築時に再構築不可のアラートが出せるようになります。

NoTempFiles 1

デフォルトではファイルのパーミッションの書き込み権限をなしにしても、強制的に書き込みされてしまうんですね。

ただ、上記の設定をしても、書き込み権限をなしにした特定のファイルをスルーして、全体を再構築、というのはできないようです。
あくまでも再構築したくない特定ファイルのリマインドとしてアラートを出す、という対策です。

下記、sixapartからの返答：

お問い合わせいただきました、Movable Type で出力されたファイルに対して、直接パーミッションを変更し、今後、再構築を行っても変更したファイルのパーミッションの値が変更されないようにする方法についてですが、環境設定ファイル「mt-config.cgi」内に、環境変数「NoTempFiles」を追記し、有効にしていただくことで、実現可能です。ただし、「NoTempFiles」を有効にした場合、無効の状態と比べて、再構築時にかかる負荷が大きくなるため、処理速度が低下する可能性があります。ご注意ください。「NoTempFiles」を有効にする場合は、「mt-config.cgi」内に、以下の行を追記してください。

NoTempFiles 1

以下の Movable Type マニュアルにも、「NoTempFiles」について記載があります。ご参照ください。
また、Movable Type で生成されるファイルのパーミッションについても、必要であれば、以下のMovable Type マニュアルの各環境変数を「mt-config.cgi」内に追記して有効にすることで変更が可能です。

■ Movable Type 3.3 マニュアル: 環境変数 >> システム
http://www.sixapart.jp/movabletype/manual/3.3/d_configuration_directives/#index-system

ただし、ファイルの所有者に対して、書き込み権限が与えられていない場合は、再構築時にエラーが発生する場合があります。その場合は、ファイルの所有者に書き込み権限を付与してください。

また、Movable Type の標準機能として、再構築時にファイルを出力する際、特定のファイルのみパーミッションを変更して出力するといった機能には対応しておりません。ご了承ください。

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